3.2を少しずつ見てます・・・

また、勘違いです。申し訳ないです。
読み込む順番が必須なので、一旦変数にいれてるんですね。なるほど。

結局こうなるんですかね。頭が回らんな。

 Maple本体（/home/bobchin/maple以下）
  /home/bobchin/maple/htdocs
  /home/bobchin/maple/maple
  /home/bobchin/maple/script
  /home/bobchin/maple/webapp
 Mapleユーザディレクトリ（/var/bobchin/maple以下）
  /var/bobchin/maple/maple（この下はMaple本体と同じ構成にし、コアを上書きしたいものを追加する）
  /var/bobchin/maple/webapp（この下はMaple本体と同じ構成にし、アプリケーションを作成する。今までと同じ）

で、include_pathの先頭に「/var/bobchin/maple」を追加する。
ini_set('include_path', '/var/bobchin/maple' . PATH_SEPARATOR . ini_get('include_path'));

「/var/bobchin/maple」フォルダと「/home/bobchin/maple」フォルダで同じファイルがあった場合は、
「/var/bobchin/maple」フォルダのものが優先される＝コアを上書きできる、と。