やはり

createactionオンライン版を構築する際に、やはりBASEフォルダ指定はできるほうがいいようです。
まず、mapleのコアやアクションクラスやテンプレート（mapleとwebappフォルダ）は、ユーザが直接見る必要はない（というか見て欲しくない）ので、apacheで公開していないとこに置きます。（例えば、/home/bobchin の下とか）
で、webapp/config/maple.ini.phpを以下のように編集

if(!defined('BASE_DIR')){
        define('BASE_DIR', '..');
}
define('MAPLE_DIR',  BASE_DIR.'/maple');
define('WEBAPP_DIR', BASE_DIR.'/webapp');

次に、公開するファイルはhtdocs以下のファイルだけでよいので、apacheで公開しているフォルダに置きます。（例えば、/var/www の下とか）
で、呼び出しファイル内のmapleの設定ファイルの読み込みを以下のように変えます

define('BASE_DIR', '/home/bobchin/maple');
require_once BASE_DIR."/webapp/config/maple.inc.php";

これでよいと思います。
公開ファイル側で使用するコアを指定できるので、１つのサーバに複数のバージョンを置いて同居できますよね？
"BASE_DIR"を指定しなければ、今までと同じ動作になるはず・・・です。